Il 6 settembre 1939 l'esercito tedesco occupa la città di Varavia ed inizia l' azione contro la comunità ebraica guidate dall'Einsatzkommando II appartenente all'Einsatzgruppe I. Responsabile del comando era l'Obersturmbannführer Max Grossopf.
Il 26 ottobre, al termine delle operazioni militari, Cracovia venne dichiarata capitale del Governatorato Generale .
Due decreti di Adolf Hitler (8 ottobre e 12 ottobre 1939) avevano attuato la divisione delle aree polacche annesse nelle seguenti unità amministrative:
Reichsgau Wartheland (inizialmente, Reichsgau Posen), che comprendeva il voivodato di Poznan, gran parte del voivodato di Lodz, cinque contee del voivodato di Pomerania, e una contea del voivodato di Varsavia;
la restante area del voivodato di Pomerania, che venne incorporata nel Reichsgau Danzig-Westpreussen (inizialmente Reichsgau Westpreussen);
Il distretto di Ciechanow (Regierungsbezirk Zichenau) consistente delle cinque contee settentrionali del voivodato di Varsavia (Plock, Plonsk, Sterpe, Ciechanow and Mlawa), che divennero parte della Prussia Orientale;
il distretto di Katowice (Regierungsbezirk Kattowitz) o in maniera non ufficialme Ost-Oberschlesien (Est-Slesia Superiore); che comprendeva le contee di Sosnowiec, Będzin, Chryzanow, e Zawiercie e parte delle contee di Olkusz e Zywiec.
L'area di questi territori era di 94.000 chilometri quadrati e la popolazione era di circa 12 milioni. La restante parte di territorio venne posta sotto un'amministrazione chiamata Governatorato Generale, che aveva come capitale Cracovia ed era suddivisa in quattro distretti, Varsavia, Lublino, Radom, e Cracovia. Il Governatorato Generale era sotto il totale controllo del tedeschi, non fu un governo fantoccio polacco.
Con l'insediamento di Hans Frank come Governatore la persecuzione nei confronti degli ebrei continuò anche dopo il passaggio dei poteri dall'amministrazione militare a quella civile.
Il 3 marzo 1941 venne creato il ghetto di Cracovia nel quartiere di Podgorze, a sud della città. Il 20 marzo l'intera area, che misurava 600 metri per 400 venne circondata da un muro dotato di filo spinato. Vi furono concentrati tutti gli ebrei della città e quelli rastrellati nei vicini villaggi.
Alla fine del 1941 nel ghetto erano rinchiuse 18.000 persone. Per sfruttare al meglio la manodopera i tedeschi istituirono delle fabbriche all'interno del ghetto e una parte degli ebrei venne anche fatta lavorare in aziende esterne.
Il 19 marzo 1942 i tedeschi iniziarono la "Intelligenz Aktion" cioè l'arresto e l'assassinio di tutte le persone considerate come punti di riferimento per la comunità. Circa cinquanta persone vennero arrestate e trasportate al campo di concentramento di Auschwitz dove vennero uccise. Alla fine del maggio 1942 i tedeschi cominciarono a pianificare la liquidazione del ghetto e il trasporto degli ebrei nei campi di sterminio. L'azione partì il 28 maggio e si protrasse sino all'8 giugno. Alla fine circa 6.000 ebrei erano stati catturati e trasportati al campo di sterminio di Belzec. Trecento persone vennero uccise nel ghetto durante l'azione. Erano rimasti poco meno di 12.000 ebrei nel ghetto ed ebbero una relativa tranquillità soltanto sino al 27 ottobre 1942 giorno in cui partì la seconda Aktion. L'azione fu condotta con una bestialità sanguinaria: 7.000 ebrei furono catturati e deportati a Belzec e Auschwitz e 600 vennero uccisi sul posto durante il rastrellamento. Vennero uccisi i malati dell'ospedale, gli anziani della casa di riposo e i bambini dell'orfanotrofio. Il ghetto divenuto ancora più piccolo venne diviso in due parti: l'area A e l'area B. Il 13 marzo 1943 i 2.000 abitanti dell'area A vennero trasferiti al campo di Plaszow. Il giorno dopo venne attaccata l'area B: 2300 ebrei vennero catturati e trasportati ad Auschwitz-Birkenau dove vennero gassati e 700 furono uccisi sul posto. Di quelli trasferiti a Plaszow ne sopravvissero poche centinaia. Il ghetto di Cracovia ed il campo di concentramento di Plaszow furono la cornice per la storia di Oskar Schindler che riuscì a salvare 1.100 ebrei già condannati a morire nel campo utilizzandoli in una sua fabbrica denominata Fabrika Oskara Schindler - Emalia ancora esistente il fabbricato .