I protestanti, che negli anni trenta costituivano poco meno dei due terzi della popolazione germanica, con l'avvento del nazismo si scissero in vari tronconi. I nazisti più fanatici, dando vita al movimento dei "cristiani tedeschi" (Deutsche Christen), sostennero senza riserve la dottrina nazista sulla superiorità della razza ariana e il Fuhrerprinzip. Il loro progetto "teologico" intendeva "arianizzare" il cristianesimo e proporre una lettura del nazionalsocialismo quale vero e proprio "evento di rivelazione". Nei loro propositi, la Chiesa si sarebbe dovuta liberare da tutto ciò che nel culto è "non tedesco", nonché dalla "morale ebraica della retribuzione" e dalle "storie di mercanti di bestiame e di lenoni" che sarebbero caratteristiche dell'Antico Testamento. Nel definire il loro programma, affermavano che esso rappresentava il compimento della Riforma di Martin Lutero, "la definitiva vittoria dello spirito nordico sul materialismo orientale". Il movimento incontrò sin dall'inizio un consenso molto largo, sia a livello di base sia fra i pastori e i teologi. Molti videro nella "rinascita" della Germania sotto il regime di Hitler un tempo qualificato, un momento decisivo in cui la presenza di Dio si manifestava nella storta con eccezionale chiarezza. La Chiesa, secondo costoro, non sarebbe potuta restare spettatrice neutrale, ma doveva darsi la missione d'interpretare "profeticamente" eventi storici del tutto particolari, assumendo la svolta storica in atto come cornice ideale del proprio annuncio.
Su un versante diverso e relativamente indipendente venne formandosi un gruppo minoritario denominato "Chiesa confessante" che, retto per qualche anno dal pastore Martin Niemoller, prese via via le distanze dalle teorizzazioni naziste, denunziando come anticristiani i progetti di coloro che riecheggiavano le tesi sostenute da Alfred Rosenberg nel suo Mito del XX secolo circa la creazione di una Chiesa germanica fondata non su dogmi e principi astratti bensì sulle forze concrete del sangue, della razza e della terra. Tra questi due schieramenti stava la maggioranza dei protestanti, troppo timorosa per unirsi all'una o all'altra delle parti in dissidio. Alla fine, tuttavia, i più si gettarono nelle braccia di Hitler, accettando il suo intervento negli affari delle Chiese e obbedendo alle sue direttive.
Certamente non mancarono i credenti che dai loro pastori attendevano una presa di posizione moralmente orientatrice. Ma negli stessi ambienti della Chiesa confessante, le reazioni alle Leggi di Norimberga contro gli Ebrei furono isolate e, molto spesso, ambigue.
Uno dei pochissimi a chiedere alle gerarchie dei confessanti non soltanto di aiutare le vittime dell'antisemitismo, ma di arrestare l'ingranaggio che andava schiacciandole fu il celebre teologo Dietrich Bonhoeffer: un pastore che seppe opporsi strenuamente al regime e che, condannato per tradimento da un tribunale delle Ss, venne impiccato nel Campo di concentramento di Flossenburg (9 aprile 1945) meno di un mese prima della capitolazione della Germania.
Nel febbraio 1986, quarantun'anni dopo la morte di questo eroe della Resistenza antinazista , un gruppo di membri della Chiesa luterana e di militanti tedeschi per i diritti civili ebbe a chiedere per l'ennesima volta che il verdetto emesso a suo tempo a carico di Bonhoeffer venisse finalmente dichiarato nullo, giacché, a norma della legislazione vigente in Germania, questo martire continuava a essere considerato un "traditore". Con ogni evidenza, una circostanza come questa va considerata uno degli ultimi brandelli di un retaggio che orinai nessuno sembra davvero interessato a custodire.